如果是新挖的水井，水質和水源沒有被污染，正常情況下是不需要消毒的。如果是水源被污染，在水井處消毒作用不是很大，因為殺菌一次，新來的水還是一樣帶有細菌，這個時候建議另找水源。

如果井水是直接飲用的水，為了更加安全，可以在用水端安裝凈水設備，這樣可以起到一個凈化的作用。凈水器的濾芯還有濾膜一定要經常清洗和更換，這樣才可以起到一個很好的消毒效果。

也可以在用水端采用高溫消毒。高溫消毒的方法就是煮沸幾分鐘，切記不要煮太長時間，這樣對健康不利。如果在夏季高溫季節，家中有太陽能，可以將井水裝入太陽能熱水器中，讓太陽能將井水沸騰，然后放入干凈的容器中，喝水的時候要燒開，這樣可以滿足殺菌的需求。

如果覺得這樣都不干凈，可以在水井處和用水端都進行消毒，可以選擇飲用水紫外線消毒，需要注意的是，這種消毒的成本比較高，不過只要一次投入，就可以免去日常消毒操作的各種麻煩。