清洗燜燒杯時，表面只需要使用蘸有中性清洗劑的軟布或者濕潤的海綿擦拭即可，而內壁直接按照正常的清潔鍋具的方法清洗就可以了，但一定不能使用研磨粉、金屬清潔球、去漬油或含有氯的清潔劑，以免造成燜燒杯表面刮傷、生銹或腐蝕。

燜燒杯在使用一段時間后，內壁或者杯底可能會出現一些紅色斑點，這是由于水中含有鈣、鎂、鐵等礦物質與不銹鋼內壁作用的結果，屬于正常現象，在清潔時先將10克檸檬酸用溫水稀釋后倒入燜燒杯中，放置2-3小時后用柔軟的刷子洗干凈，再用清洗劑將杯子沖洗干凈，最后將杯子擦干后放在陰涼處徹底風干即可。

如果使用燜燒杯進行泡茶，并在燜燒杯內部留下明顯的茶垢，清除時可以先將雞蛋外殼弄碎，與熱水和食醋一起放進燜燒杯中，擰緊杯蓋后用力搖晃一會杯子，就可以有效去除燜燒杯中的茶垢。

燜燒杯在每次使用完后，都需要溫水徹底清洗杯子，用柔軟的抹布輕輕擦拭水分并完全晾干，再放在陰涼干燥處保管。一定不要將其放入洗碗機、烘干機或者微波爐中，以免對燜燒杯造成損壞。