將適量的食醋倒進牙缸中，使杯底的污漬完全浸泡在醋里，靜置半個小時后，就可以將聚集在杯底的污漬徹底的清除掉了，之后再將牙刷杯放在清水中浸泡五分鐘左右，便可將食醋殘余在牙缸中的味道徹底清除掉。

牙缸底部出現黑色的污漬，大多是由于口水中牙膏沉淀在杯中，并在未完全晾干時產生大量的細菌和霉菌導致的。因此在使用牙缸的時候，需要做到及時的保管和清洗，每周還需要對牙缸徹底煮沸消毒一次，以保證牙缸的整潔。

清除時，也可以先在盆中加入少許小蘇打、白醋和牙膏，加入適量的熱水攪拌均勻后，將牙缸和牙刷放在水中浸泡五分鐘，便可將牙缸中的污漬清除干凈，最后再用清水沖洗幾遍就可以了。

家中的衛生間多是相對潮濕的環境，很容易使牙缸中受到霉菌的污染，出現黃色污垢。很多人在刷牙前會習慣用牙刷在杯中攪幾下，在清潔不及時情況下，杯底的污垢就被攪起來，并通過漱口水進入口腔，從而引發口腔黏膜的疾病，甚至引發胃腸道、呼吸道等疾病。

想要保持牙刷杯干燥，最好是在使用完后，將牙刷杯沖洗干凈后，倒立放置在臺面上，并做得到定期更換。