由于下置式飲水機自身的優勢，所以長時間不清洗也是可以的，如果要清洗，建議在水桶里加點醋，燒熱靜置一段時間后，再把水放出，然后再用清水過兩遍就清洗干凈了，非常簡單方便。

醋能起到殺菌的作用，新鮮的檸檬也可以，只需要將買來的新鮮檸檬做成檸檬水，吸進水箱內，燒熱靜置一段時間，然后放水沖洗過濾就可以，這樣出來的水還會有淡淡的檸檬香氣。

和傳統的飲水機相比，大多數的下置式飲水機采用的都是全封閉設計，通過下進裝置吸水，所以幾乎不會造成水質的二次污染，也不會有細菌飄入。另外，內膽大多使用的是食品級的不銹鋼材料，整個水路可以抑制細菌的滋生繁衍，桶裝純凈水也幾乎不會產生水垢，所以相對的不用經常清洗。

下置飲水機的優點還有，它換水便捷，直接將桶裝水放入就可以了，不用擔心像傳統的飲水機還得扛上去；而且電子和機械的雙重水位控制系統，起到了安全切斷水路的性能，杜絕了溢水現象的發生。

下置飲水機的缺點在于，由機身往下延伸到水桶里的管子太軟，容易損壞；在更換水桶的時候需要將管子拿出來，容易滋生細菌；凈水機的過濾芯需要三五年更換一次，從而有效保證水質。