正常情況下，應該坐在馬桶的第二層，也就是馬桶的墊圈上。坐在馬桶的第二層會相對干凈衛生，冬天還可以套一個馬桶套用來保暖。

一般情況下，馬桶蓋都是兩層的。第一層是用來蓋馬桶的，用來防止污水濺處、掩蓋氣味和防止異物掉入的。第二層則是用來坐的，避免人體皮膚直接接觸馬桶壁，起到隔離細菌的作用。

在知道該坐哪一層之后，需要了解馬桶的正確坐姿。在上廁所時，直腸肌與直腸形成的肛腸角度越大、直腸越直時，排便越順暢。但是坐在馬桶上時，肛腸角約為80——90度，角度相對較小，排便會受到不同程度的阻礙，這就需要坐在馬桶上時，在雙腳下墊一個小板凳，使腿部與腰部的夾角變大，促進排便。

如果是男士小便，要把馬桶上的兩個蓋子都掀起來。如果是男士大便或者女士如廁，則只需要掀開最上面的馬桶蓋板，坐在中間一層的坐墊圈上方便，這個蓋子不容易沾灰，比較衛生。如廁完畢之后，把最上面的馬桶蓋板蓋上然后沖水，避免臟水濺出，反味。

馬桶在使用過程中也需要進行保養。馬桶的第二層坐墊最多每隔七天就要進行徹底的清潔，在清潔時，一定要用高溫開水。在對馬桶坐墊擦拭時，需要使用柔軟的棉布，禁止使用強酸、強碳和去污粉清潔勿使用揮發劑、稀釋劑或其它化學物清洗，會容易出現腐蝕坐墊表面的現象。