沖廁所時蓋上馬桶蓋，是為了避免在沖廁所的時候，細菌被廁所水流形成的氣壓帶到空氣中，對衛生間的環境造成二次污染。

根據實驗表明，馬桶在沖水時，馬桶蓋如果處于敞開狀態下，桶內的瞬間氣流會將病菌或者微生物帶到空氣中，并且會一直懸浮在空氣中，長達幾個小時，然后降落在衛生間的墻壁和物品上，通過人體對這些物品的接觸，威脅人體的健康。

馬桶在沖水時，難免會濺處一些污水，馬桶蓋若是處于敞開狀態，這些污水會濺到衛生間的墻壁或者地面上，使得污水中所攜帶的細菌就會出現在衛生間的角落中，通過大量的繁殖，造成環境的污染。

在日常生活中，每隔兩三天就需要對馬桶進行徹底的清潔。先用清水對馬桶沖洗一遍，然后用環繞的手法將潔廁劑倒在馬桶內壁上，然后蓋上馬桶蓋浸泡幾分鐘。接著用馬桶刷刷洗馬桶內壁，在刷的時候要注意馬桶內緣的死角處，最后再用清水進行沖洗即可。

馬桶在清潔完成后，需要用消毒殺菌的產品對馬桶進行消毒，馬桶的坐墊以及抽水按鈕處需要著重消毒。消完毒后將馬桶蓋打開，保持衛生間室內的通風，消散異味。