直飲飲水機的清洗方法比較簡單，首先切斷直飲飲水機的電源，打開箱體取出濾芯，將濾芯桶裝回原位。

用中性清洗劑清洗飲水機的表面，一定不要用酸性或者堿性的清洗液清洗，以免腐蝕直飲飲水機的外壁，影響美觀。

用酒精清洗直飲飲水機的進水口、內壁、龍頭，水盆，把濾芯更換掉，并且將使用的濾芯用清洗液浸泡兩三分鐘作用，接著沖洗干凈。

在沒有放置濾芯之前，打開水龍頭和店員，用自來水進行機內的沖洗。最后將飲水機的濾芯安裝回到濾芯桶，這樣清洗工作就完成了。

飲水機還可以用白醋清洗。將飲水機中加入八分滿的水，接著加入半瓶白醋，讓其在飲水機中大約半個小時左右，這樣飲水機就可以被清洗干凈了。

檸檬也可以除掉飲水機中的污垢。取出一個檸檬，將檸檬汁擠到剛才接了水的水容器中，如果不小心將檸檬的籽擠到水中，浸泡一個小時左右，再用清水沖洗幾遍，這樣飲水機可以沖洗干凈了。檸檬不僅有殺菌作用，對于燒水累積的水堿還有一定的效果。