硝態氮在體內還原呈銨態氮后，才能被吸收利用；而氨態氮也就是銨態氮,可直接光合作用產物有機酸結合,形成氨基酸,進而形成其它含氮有機物。

除此之外，硝態氮與氨態氮在反應速度、不同作物需求、分布方式、作物吸收利用以及對土壤的ph值影響等方面都有所區別。

反應速度。硝態氮的化學成分比較活躍，使用后見效快，而氨態氮見效相對要慢一些。

不同作物需求。栽培在水淹環境中的水生作物吸收的氮源主要為還原態的氨態氮，生長在旱地的旱作物，則見多利用氧化態的硝態氮。

分布方式。較小的土粒一般呈負電性，能吸持銨態氮，所以氨態氮施用后在土壤中移動范圍小，多年使用氨態氮會使氮肥集中在上層土壤累積；硝態氮因為呈負電性，土粒難以吸附，在土壤中移動范圍較大，在不同土壤層分布相對均勻。

作物吸收利用。作物吸入體內的硝態氮可還原為銨態氮，硝態氮也可直接被作物葉片等器官儲存，而氨態氮被作物吸入，在作物體內不能存儲，大量使用后會引起葉片的斑點、黃化等氨中毒。

ph值。長期使用硫酸氨等氨態氮為主的生理酸性肥料，會引起土壤酸化，適量使用硝態氮可有所改善。