很多人容易把酸湯魚和酸菜魚搞混，其實酸湯魚和酸菜魚在菜系、產地、做法、口味和功效方面均有所不同。

從起源地來講，酸湯魚，是黔桂湘交界地區的一道侗族名菜，入口酸味鮮美，辣勁十足，是苗族獨有的食品；而酸菜魚則起源于重慶，屬四川菜系，以其特有的調味和獨特的烹調技法而著稱。

二者在做法上也多有不同，酸湯魚大多把魚切塊，而酸菜魚則把魚肉片成片，酸湯魚里面放的是自制酸湯，而酸菜魚里面放的是酸菜。

二者在口味上也多有不同，首先酸湯魚的酸，是因為加入了特產糟辣椒和貴州當地許多有營養價值的中草藥，借蕃茄酸烹出自然酸湯；而酸菜魚講究的是酸而不醋，酸帶有川地酸菜特有的味道，還保留了泡椒的淡淡辣味，越煮越香，酸辣甘鮮。

在營養價值方面，酸湯魚一般用鯰魚和西紅柿作為主料，性味甘、溫，有補虛催乳、利尿止痢的功效，富含維生素C，美容養顏；酸菜魚，主料多為鯉魚和酸菜，含豐富優質蛋白，味甘、性平，具有滋補健胃、利水消腫、通乳、清熱解毒的功效，還可以開胃提神、醒酒去膩，不僅能增進食欲、幫助消化，還可以促進人體對鐵元素的吸收。