檸檬酸易溶于水，可以直接與水混合后被吸入飲水機內，加熱消毒，然后打開飲水機的冷熱開關放水，再多用清水沖洗幾遍就可以了，另外，檸檬也含有大量的檸檬酸，也可以榨汁后用于飲水機的消毒。

檸檬酸是一種很重要的有機酸，無色晶體，無臭，有很強的酸味，易溶于水，檸檬酸在80℃下，可以很好的殺滅細菌芽孢。所以將混有檸檬酸的水加熱，可有效殺滅飲水機內的細菌。

此外，檸檬酸為食用酸類，可增強體內正常代謝，適當的劑量對人體無害，不用擔心飲水機內的水質會因此受到污染，而且在某些食品中，加入檸檬酸口感會更好，可促進食欲，在中國允許果醬、飲料、罐頭和糖果中使用檸檬酸。

但是雖然檸檬酸對人體無直接危害，但它可以促進體內鈣的排泄和沉積，如果長期食用含檸檬酸的食品，有可能導致低鈣血癥，并且會增加患十二指腸癌的幾率。

另外，檸檬中含有豐富的檸檬酸，甚至被譽為“檸檬酸倉庫”，所以用檸檬榨汁也可以很好的殺菌清潔。但是要注意不要將榨汁后的果皮或果殼也吸入飲水機內，那樣容易造成飲水的損壞。